Der Gesamtausschuss hat eine Vorgeschichte, nämlich die „Ära“ der AG-MAV Bayern. Sie wurde im September 1997 im Nürnberger DGB-Haus gegründet und bestand immerhin bis 2011. Bei der Mitgliederversammlung 1997 wurde eine Satzung verabschiedet und ein Ausschuss zur Vorbereitung von Vorstandswahlen gebildet.
Die AG-MAV Bayern hatte die gleichen Aufgaben, die § 55 MVG vorsah, insbesondere Beratung, Unterstützung und Information der Mitarbeitervertre-tungen sowie Förderung des Informations- und Erfahrungsaustauschs. Die Arbeit erfolgte auf rein ehrenamtlicher Basis. Freistellungen oder Arbeitsbefreiung gab es nicht, weil die AG-MAV Bayern keine Anerkennung durch das Landeskirchenamt hatte.
Den Anstoß für die Gründung der AG-MAV Bayern gaben die Teilnehmerinnen und Teilnehmer an einem Seminar der damaligen ötv in Beilngries am 27./28. Februar 1997. Dort wurde die sog. „Beilngrieser Erklärung“ verabschiedet, in der insbesondere die stärkere Vernetzung der bayerischen Mitarbeitervertretungen gefordert wurde. Die AG-MAV Bayern bestand bis zum Jahr 2011, bis sie „eingeschlafen“ ist.
Im Herbst 2015 wurde dann – als letzte Gliedkirche innerhalb der EKD – auch in Bayern ein Gesamtausschuss gebildet. Hintergrund dafür war letztlich die Kundgebung bei der EKD-Synode in Magdeburg, die in ihrer 7. Forderung feststellte, die „Mitarbeitendenvertretungen in Diakonie und Kirche müssen in ihren Beteiligungsmöglichkeiten gestärkt werden und brauchen eine bundesweit durchgehende legitimierte Struktur.“
Folge war dann die Veränderung des § 54 MVG bei der Novellierung im Jahr 2013. Dort hieß es nicht mehr: Die Gliedkirchen „können“ Gesamtausschüsse vorsehen, sondern Gesamtausschüsse „sind zu bilden“. Man könnte also sagen, die EKD-Synode hat die ev. Kirche in Bayern als letzte Gliedkirche verpflichtet, einen Gesamtausschuss zu bilden. Die Umsetzung erfolgte im Ausführungsgesetz zum MVG 2013 (AGMVG) bei der Herbstsynode 2014 in Regensburg.
Bayerische Besonderheit ist, dass es jeweils einen Gesamtausschuss gibt für Diakonie und Kirche. Beide Gesamtausschüsse wurden im Oktober 2015 auf getrennten Delegiertenversammlungen gewählt und haben im November 2015 mit der Konstituierung ihre Arbeit aufgenommen.